A figura do diretor-regente sempre foi central na história da Orquestra Lira Sanjoanense. O regente é o responsável pela vida musical da corporação, escolhendo – com a colaboração dos seus auxiliares – o repertório das grandes solenidades e compromissos cotidianos, elaborando programas para concertos e recitais, regendo e ensaiando coro e orquestra e por fim, representando a instituição em assuntos artísticos. Desde a sua fundação em 1776 por José Joaquim de Miranda, a Orquestra Lira Sanjoanense conta com uma linhagem de regentes, que ao longo do tempo zelaram pela boa música, pela disciplina e pela manutenção artística da entidade. A partir da documentação da entidade, a linhagem dos regentes possui a seguinte organização
José Joaquim de Miranda – 1776 a 1802
Joaquim da Silva Vasconcelos – 1802 a 1820
José Marcos de Castilho – 1820 a 1827
Francisco de Paula Miranda – 1827 a 1846
Francisco Martiniano de Paula Miranda – 1846 a 1854
Marcos dos Passos Pereira – 1854 a 1855
Hermenegildo José de Souza Trindade – 1855 a 1864
Antônio do Carmo Teixeira Pinho – 1864 a 1867
Francisco Camilo Victor de Assis – 1867 a 1871
Hermenegildo José de Souza Trindade (2º mandato) – 1871 a 1875
João Ignácio Coelho – 1875 a 1876
Carlos José Alves – 1876 a 1882
Luiz Baptista Lopes – 1882 a 1907
João Feliciano de Souza – 1907 a 1924
Fernando de Souza Caldas – 1924 a 1949
Dr. Pedro de Souza (auxiliar interino) – 1934 a 1949
Dr. Pedro de Souza (efetivo) – 1949 a 1995
Cap. Benigno Parreira – 1995 a 2009
Aluizio Viegas – 2009 a 2015
Prof. dr. Modesto Flávio Chagas Fonseca – 2015 – presente